Лучшая подруга говорит, что её изнасиловал мой парень...

Странная, глупая жертва. Надо же заяву накатать на него, взыскать материальную компенсацию за причинение морального, физического, имущественного ущерба. Это уголовная статья.
+ т.к. вы, ее подруга и проживаете с ним на одной территории, значит по факту тоже находитесь в потенциальной опасности. Почему она до сих пор не предприняла ничего? Мутные они оба, шлите нафик.

Действовать как Шерлок. Сапоставлять факты. В чьем доме вы их застали? Что они делали там без вас?

Предположу худшее, что они обоюдно заигрывали за вашей спиной, но когда все вскрылось, то подруга поступила подленько и решила выйти из игры жертвой и все свалила на него. А мч не успел перекинуть не нее вину и загасился, что не помнит/не было.

Отношения прекращать с обоими

Мы вместе жили с парнем, я пришла с работы к нам домой и увидела их вместе, я не устраивала никаких истерик, а просто сразу ушла, на следующий день вернулась, перед эти отправила ему смс чтобы к моему приходу он ушел ( жильё мы снимаем) и я хочу побыть одна. С его слов, она пришла к нам, чтобы поговорить со мной, он сказал что меня ещё нет, она попросилась подождать, потом попросила чай, ну в общем сидели они пили чай, потом он пошел в комнату играть в приставку ну и дальше он не помнит, говорит что она ему что-то подмешала

Вот здесь вы правы. Неизвестно что в дальнейшем подруга выкинет в вашей жизни, да и парень. Пока не общаться ни с подругой ни с парнем. Ведь вы из-за любви можете не видеть всех странностей парня, но..... и подруга... Пока тайм аут для всех.

Если бы он её изнасиловал то она написала бы на него заявление в полицию. Но заявления она не пишет. Значит он её не насиливал. Это просто манипуляция Вами. Вы наверное с ней общаетесь мало, т.к. у Вас появился парень и всё время Вы проводите с ним? А у неё парня нет и её гложет элементарная зависть. Не верьте подруге.

Не написала заявление потому, что боится его, говорила, что он ей угрожал...

Если вы с подругой не договаривались о встрече, она вас не предупреждала о своем приходе, а просто припеперлась домой в ваше отсутствие с учетом наличия тебефона и кучи менеджеров, то она явно что-то не договаривает. А ваш МЧ.... ну надо быть полным кретином чтобы притянуть бабу, не говоря о том что это ваша подруга, к вам домой в то время когда вы тудаже возвращаетесь. Я бы на его месте квартиру почасово сняла или номер в гостинице если уж так припекло до немогу. Конечно с учетом того что он с вами отношения рвать не планировал

Лучше от обоих избавиться.