Ипотека, есть какой то подвох?

скорее всего, у них кредит на первый взнос, и они платят два кредита в одном платеже, а банк ездит по ушам.

Завышают стоимость квартиры на сумму первого взноса по договоренности с продавцом. И якобы платят ему налом часть, на самом деле не платят.

Надо вам к грамотному юристу который в этой отрасли работает, по этому вопросу обратиться.

Вычет дадут только на ту сумму, что выдал банк.

Нет, вычет дают на сумму , указанную в договоре купли-продажи или долевого участия. Сюда входит и собственный взнос и кредит. А вот вычет нельзя получить если первый взнос был за счет государства: маткапитал и так далее.

нет, на стоимость квартиры

Какими документами будет подтверждён факт передачи денег по первоначальному взносу, если расписка уничтожается сразу после подписания договора? ....Никак.
Значит вычет будет только на ту сумму, которая подтверждена банком.

Налоговый вычет за квартиру каждому человеку дают один раз. Существует лимит, с которого будет исчисляться налоговый вычет: 2 млн руб. — для строительства или покупки жилья, 3 млн руб. — при погашении процентов по ипотеке. Таким образом, сумма имущественного налогового вычета может составить до 650 тыс. руб.: 260 тыс. руб. — за покупку квартиры и 390 тыс. руб. — уплаченные проценты по ипотеке.
Надеюсь, что вы поняли. Могли получить 390 тысяч рублей, получили 650 тысяч рублей.