Имеет ли право руководитель делать такое замечание?

Имеет

Имеет. Вас же не штрафуют за нарушение техники безопасности, а просят навести порядок.

конечно имеет право. Бардак это плохо.У нас тоже есть любитель хлама, там даже был вытереть нельзя, все завалено. Дир как увидел. такой ...ему устроил. Правда это не надолго.Вот реально сижу рядом, иной раз он целый день ничего не делает.Времени убрать бардак у него нет. Свалка просто.Тараканов развел даже.

и вообще, вам нравится бардак? самому же приятно, когда порядок на столе

Зависит, может он на данный момент работает с этими бумагами, и они ему нужны. У мня на первой работе была такая ип.панутая начальница, я достала папку и работала с документами, а она зашла к нам в кабинет, заявила, что у меня бардак на столе и у убрала папку обратно в шкаф. Мне пришлось снова доставать папку и искать нужные документы.

имеет, если это семейная (частная) компания

Имеет. Порядок на столе, порядок в делах, в голове, в работе как правило взаимосвязаны. А если ваш коллега заболеет и его замещать кто-то должен? Генеральную уборку у него на столе сначала делать?

Мне без разницы. Я рядом сижу, но мне его бардак не мешает, если ему так удобно - пожалуйста

имеет- имеет. Это дома можно бардак, а на рабочем месте должен быть порядок

А если это не "бардак", а "управляемый хаос"), в котором работник ориентируется как рыба в воде?

Будь я хозяйкой конторы, работник которой мне исправно и без нареканий денюшку приносит, мне было бы всё равно, что там у него на столе: пустыня или Джомолунгма. Задача работника - приносить прибыль хозяину. Остальное мало волнует.