Как понять, что ты вредишь сыну?

Думаю из-за отсутствия отца. Стандартная реакция у ребёнка на стресс. Но к врачу обратиться не помешало бы.

если сын не живет с отцом и матерью в крепкой семье где есть взаимоуважение по вашей инициативе, ваш вред сыну уже колоссален. Возможно даже его будущее в плане отношений перечеркнуто.

Обратитесь к детскому психологу, он поможет выяснить причину. Возможно что подсознательно у Вашего ребёнка есть какой-то страх в отношении Вас

Энурезы это про страхи

Однако...)))
Интересная трактовка "Ребенок метит как собака".

"но бывают дни, когда он только со мной остаётся"
А что это значит?
Командировки короткие у папы? Работа сутками? Куда он на несколько дней девается?
И сколько мальчику?

Что за бред сивой кобылы?!
Уважение должно быть обоюдным. И не факт, что отсутствие бати принесёт вред больший, чем его наличие. Есть такие, которых надо вышвыривать после первого ора на ребёнка.

Да, командировки (по несколько дней)
Ребенку 4 года

Ну если бы его всегда папа укладывал, и только папа, еще можно было бы предположить стресс..
А так... Вряд ли тут надо искать связь. Вероятнее совпадение