Котенок прячется и не выходит

Ну, есть и в лоток выходит.
Если он дичок, и не привык к людям ,нормальное поведение. Привыкнет,насильно не надо его хватать. А вот перекрыть ему этот проход можно, чтоб не гадил.

Может быть болеет, надо его врачу показать.

С ним надо играть. Возле его таскать бумажку на нитке. Постепенно он будет играть и за пределами своего убежища

попробуйте поиграть с ним... мышки там... перышки

Наверное все таки надо поймать момент когда он не там и закрыть эту дыру (тряпкой). А для него домик из коробки сделайте как будку. Или купите.
А то он так привыкнет прятаться глубоко

Помой полы с валерьянкой

время для своей адаптации определяет само животное
оставьте его в покое

просто ласково разговариайте с ним, он ваш голос запомнит
есть проект адская кошка там много подсказок разных

самое главное НЕ торопите события
нелюдимые животные могут долго привыкать, месяцами
и не любить ласку человеческих рук годами